Quesito: trasferimento residenza in Svizzera con doppio lavoro in Italia e Svizzera.

Da ormai tre anni lavoro per un'università Svizzera e contemporaneamente ho un contratto di collaborazione con un'azienda italiana.
Non sono frontaliere fiscale quindi dichiaro nel modello unico anche il reddito svizzero (con franchigia e detraendo poi le imposte già pagate in svizzera).
Quest'anno ho intenzione di trasferirmi in Svizzera, continuerei tuttavia ad avere il contratto di collaborazione con la mia azienda italiana.
Tale contratto rappresenterebbe tuttavia una parte minima del mio reddito e non è subordinato a vincoli di presenza e/o orario.
Difatti lavoro spesso anche da fuori utilizzando internet.
Il mio trasferimento è dovuto al fatto che devo partecipare ad un bando da ricercatore per il quale la residenza in Svizzera costituisce un titolo preferenziale.

Se mi trasferissi entro fine Giugno, l'anno prossimo (2013) potrei dichiarare nel modello Unico solo il reddito italiano del 2012?
Oppure il fisco potrebbe obbiettare che, pur essendomi trasferito per più di 183 giorni, data la saltuaria collaborazione con la mia azienda si suppone che qualche giorno io l'abbia trascorso a Milano, e che quindi non si raggiungano i fatidici 183 giorni di presenza all'estero?

Visto che possiedo una casa in Italia (per la quale ovviamente perderei i vantaggi fiscali della prima casa) , in caso di accertamento potrebbero appellarsi al fatto che il mio "centro degli affetti" è a Milano e chiedermi le imposte italiane anche per i redditi svizzeri degli anni a venire? Mia moglie risiede in quella casa ma stiamo per avviare la separazione.