Quesito: verifica GDF a srl.

sono un collega commercialista e vorrei chiedere un parere su una verifica in corso della gdf ad una srl cliente.
trattasi di una società 100% partecipata comunale in house.
gestisce la tariffa igiene ambientale per conto dell'ente giusta contratti e capitolati stipulati tra le parti.
nel corso della verifica ancora in essere la gdf eccepisce tra l'altro sulla deducibilità di taluni costi debitamente appostati in bilancio per i vari esercizi.
trattasi degli oneri per il conferimento in discarica dei vari rifiuti anch'essi previsti nel capitolato d'appalto e quindi a carico della società gestore del servizio ma che sono fatturati dal commissario x l'emergenza rifuiti al comune anzichè alla società (in effetti è una problematica comune ad altre partecipate in quanto il gestore della discarica riconosce nell'ente il soggetto proprietario del rifiuto). A tal proposito vengono periodicamente appostati in bilancio gli oneri previsti nel capitolato a "fatture da ricevere dal comune x oneri discarica" come un conto di debito che comunque nasce verso l'ente che è intestatario delle fatture e che a sua volta con nota di trasmissione le gira alla società e richiede il ristoro delle somme prevista appunto a carico della partecipata.
i verificatori pur riconoscendo l'onere previsto nel capitolato contestano l'inerenza e la deducibilità di tali costi, ma di contro ho spiegato loro che il comune non emette fattura per girare a noi tali costi (a proposito non ivati) ad esso fatturati bensì non può far altro che riconoscerli e richiedere all'azienda di rimborsare al comune debitore verso il fornitore.
sarebbe un grosso problema la contestazione dei verificatori vista l'entità di tali oneri che comunque il fornitore si ostina a fatturare all'azienda.
potete darmi qualche assist per smontare eventuale accertamento da parte dell'agenzia delle entrate dopo la chiusura del pvc? (qualche sentenza o altro?)